El apellido Baptista proviene del nombre de pila Bautista, que es una forma latinizada de Juan Bautista. El nombre significa Juan el Bautizador o Juan el que bautiza. El apellido Baptista se originó en España y se extendió a América Latina durante la época colonial. Los descendientes de los portadores del apellido Baptista se encuentran en toda América Latina, especialmente en Colombia, México, Argentina, Chile, Perú y Venezuela.
La primera persona con el apellido Baptista en llegar a Colombia fue Juan Baptista, quien no tuvo hijos y su profesión era la de comerciante.