El apellido Bonilla es un apellido de origen español. Se deriva del nombre de una localidad de España, Bonilla de la Sierra, que significa pequeña buena. Los Bonilla son descendientes de los primeros colonos españoles que llegaron a América. Esta familia se ha extendido por toda América Latina, especialmente en Colombia, donde hay muchos Bonilla. Los Bonilla son conocidos por su lealtad, su trabajo duro y su amor por la familia. Son personas muy respetadas y admiradas por su honestidad y su sentido de la responsabilidad.
El primer Bonilla en llegar a Colombia fue Francisco Bonilla, quien nació en España en el siglo XVI. Tuvo dos hijos. Su profesión era la de comerciante.