El apellido Cuenca es un apellido de origen español que se deriva del topónimo Cuenca, una ciudad de España. El significado de este apellido es de Cuenca o de la ciudad de Cuenca. Los descendientes de este apellido se encuentran en toda Colombia, principalmente en las regiones de Antioquia, Valle del Cauca, Cundinamarca, Atlántico, Bolívar, Santander, Boyacá, Cauca, Nariño, Norte de Santander, Risaralda, Quindío, Caldas, Huila, Tolima, Meta, Córdoba, Sucre, Magdalena, San Andrés y Providencia, entre otros. Estos descendientes se han destacado en diferentes áreas, como la política, la economía, la educación, la cultura, el deporte, la ciencia y la tecnología.
El primer Cuenca en llegar a Colombia fue Francisco Cuenca, un comerciante español. Tenía dos hijos.