El apellido Hoya proviene del latín hoya, que significa hoyo. Esta palabra se usaba para describir una depresión en el terreno. El apellido Hoya se originó en España y se extendió a América Latina durante la colonización española. Los descendientes de los Hoya se encuentran principalmente en Colombia, México, Venezuela, Argentina, Chile, Perú y España. El apellido Hoya es uno de los apellidos más comunes en Colombia, donde se estima que hay alrededor de 200.000 personas con este apellido.
El primer Hoya en llegar a Colombia fue Francisco Hoya, quien era un comerciante español. No se conoce con certeza si tuvo hijos o no.