El apellido Quilmes es un apellido de origen español que se remonta a la época de la Reconquista. Se cree que el apellido proviene de la localidad de Quilmes, en la provincia de Burgos, España. El significado del apellido Quilmes es de Quilmes, que se refiere a la localidad de origen. Los descendientes de Quilmes se encuentran en todo el mundo, especialmente en América Latina. En Colombia, los Quilmes son una familia numerosa y están presentes en muchas regiones del país.
El primer Quilmes en llegar a Colombia fue Juan Quilmes, quien era un comerciante de origen español. Tenía dos hijos.