El apellido Villota es un apellido de origen español. Se cree que proviene de una localidad llamada Villota, ubicada en la provincia de Burgos, España. El significado del apellido Villota es lugar de la villa. Los descendientes de Villota se encuentran principalmente en Colombia, donde se establecieron durante el siglo XIX. Los apellidos relacionados con Villota incluyen Villot, Villotas, Villotas y Villotas.
El primer Villota en llegar a Colombia fue Francisco Villota, quien nació en España en el año 1550. Tuvo seis hijos y era un comerciante.