El apellido Zúñiga es un apellido de origen español que se remonta a la época de la Reconquista. Se cree que proviene de la región de Castilla y León, en España. El significado del apellido Zúñiga es de la casa de Zúñiga, que se refiere a una familia noble de la región. Los descendientes de la familia Zúñiga se han extendido por todo el mundo, especialmente a América Latina. En Colombia, el apellido Zúñiga es uno de los más comunes, con miles de personas que lo llevan.
El primer Zúñiga en llegar a Colombia fue Francisco Zúñiga, quien nació en España en 1550. Tenía dos hijos. Su profesión era la de comerciante.